Java salta al final de la línea

Lea línea por línea, lea la línea entrante para determinar si el primer carácter es #, si es así, no lo procese, si no, realice el procesamiento normal.

Parece que está abriendo el archivo en modo texto. Intente abrirlo en modo binario. Parece que el modo texto no puede leer caracteres de control como saltos de línea y será ignorado.