Al instalar software en Linux. Si especifica un prefijo, cuando elimine el software, se eliminará todo el contenido de la carpeta especificada por el prefijo, lo cual es una eliminación completa.
Hay dos formas de lograrlo.
1. Como dijiste, elimina solo el directorio especificado por --prefix.
2. Cuando publique un paquete de código fuente, se creará un directorio, ingrese al directorio y ejecute make uninstall (no necesariamente compatible con todos los paquetes de software)
3.
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